Der 17-malige Nationalspieler Dänemarks hatte allerdings in den Personalplanungen des Rekordmeisters für die Saison 2016/17 keine Bedeutung mehr. Der FC Bayern erhält vom Tabellensechsten der Premier-League-Saison 2015/16 und Europa-League-Teilnehmer knapp 15 Millionen Euro Transferentschädigung.
Höjbjerg war zum 1. Juli 2012 von Bröndby IF nach München gekommen und zunächst für den FC Bayern II aktiv. Ein Jahr später wurde er Profi. In der zweiten Halbserie der Saison 2014/15 verliehen ihn die Münchner zum FC Augsburg, in der vergangenen zum FC Schalke 04, wo er 23 Bundesligaeinsätze hatte, acht über 90 Minuten und null Tore. Für den FC Bayern absolvierte er insgesamt lediglich 25 Pflichtspieleinsätze, sein Vertrag galt bis 2018.