Doch neben den Hürden Hamburg und Wolfsburg brachte auch die schwere Aufgabe bei Tabellenführer FC Bayern München Duisburg nicht vom Weg ab. Der FCR setzte sich im Viertelfinale Ende 2008 im Elfmeterschießen durch.
Runde 1
Da waren die beiden Bundesligisten noch nicht vertreten.
Runde 2
18.10.2008: Tennis Borussia Berlin - Turbine Potsdam 1:6 (0:2) 19.10.2008: Werder Bremen - FCR Duisburg 1:10 (0:6)
Achtelfinale
09.11.2008: Mellendorfer TV - Turbine Potsdam 0:5 (0:3) 10.12.2009: FCR Duisburg - Hamburger SV 5:0 (2:0)
Viertelfinale
08.02.2009: VfL Sindelfingen - Turbine Potsdam 0:1 (0:1) 21.12.2008: Bayern München - FCR Duisburg 4:5 i.E.
Halbfinale
13.04.2009: Turbine Potsdam - SG Wattenscheid 09 3:0 (1:0) 11.04.2009: FCR Duisburg - VfL Wolfsburg 3:1 (1:1)